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赛制设置方面，比赛分为初赛和决赛两个阶段，每个赛道均采取独立评审制。初赛评审采取“自动化评分与专家评审”相结合的模式，重点检验模型的推理性能及效率，从算法思路、模型质量、技术方案、医保应用场景适配等多维度进行综合评价，每个赛道综合成绩排名靠前的若干团队将进入决赛。决赛评审采取“线下答辩与综合评审”相结合的模式，重点评估模型的创新性与鲁棒性、临床价值与可解释性、工程化与推广潜力等。初赛将于2026年8月1日至9月30日在线上举行，决赛则在2026年10月中旬于广西南宁举行。
此外，主办方将为每个获奖团队颁发获奖证书，提供成果展示、合作对接及转化孵化等配套支持。具体激励措施包括：支持优秀获奖成果在广西壮族自治区注册落地，按照有关规定优先纳入新增或修订广西医疗服务价格目录；优先在广西区内三级定点医疗机构推广；优先纳入后续开发的应用场景对接名单，推动其在真实场景中验证应用；给予一定数额的成果转化专项经费支持等。
“本次大赛是全国首个国家级的医学影像AI识图大赛，其比赛数据集、硬件支撑环境均达到全球同类赛事领先水平。每个赛道的数据集达到万例的规模，而且还从国内各大医院收集了罕见病例的影像。这些对AI来说，都是难得一见的宝贵训练资料。”3月19日，国家医疗保障局大数据中心主任付超奇在全国医保影像AI识图大赛新闻发布会上介绍称，“我相信对于每一个参赛团队来说，无论获奖与否，使用这些数据集进行训练都将是非凡的经历。”
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