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马瑜婷的工作重点是解析机体内外因素造成的多重应激（放化疗导致的细胞应激、严重压力触发的精神应激、肿瘤微环境导致的代谢应激）所引发的转录组、蛋白质组、代谢组、表观遗传学特性的改变，探究其对肿瘤免疫微环境的重塑作用。此外，从整体层面，关注多重应激引发的神经内分泌系统、寄居微生物及其代谢产物与免疫系统间的互作，探究其对抗肿瘤免疫的多层次调控机制。上述工作力争填补认知空白，逐渐形成理论系统，旨在为肿瘤免疫治疗提供全新思路，为后续转化医学研究及原研药物开发提供潜在新靶点。
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